引物的自动搜索和评价分析
建议Primer Premier 和 Oligo 搭配使用。
这两个软件的引物设计功能主要体现在两个方面：
①引物分析评价功能：该功能只有少数商业版软件能够做到，其中以Oligo 软件最优秀；
②引物自动搜索功能：自动搜索功能以Premier 为最强且方便易用，Oligo软件其次，其他软件如Vector NTI Suit, Dnasis, Omiga, Dnastar都带有引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。在自动搜索的基础上，还要对引物辅以人工分析，以得到最佳设计的引物。
Oligo 和Premier的安装包，有需要可以下载！
Primer Premier 安装包有Primer Premier 6.0以及Primer Premier 5.0.
很多人人习惯于用5.0这个经典版本，并且认为比后来的更新版本更好用。
Primer Premier 6.0安装比较简单，安装包和安装步骤文件已经分享在网盘文件内~
本文只展示Primer Premier 5.0的安装步骤。
Primer Premier 5安装
下载安装包之后，根据电脑位数选择对应的安装包进行安装。
windows64位就选序号2的安装包，32位就选择序号1的安装包。
双击Primer Premier 5.0应用程序打开软件。（绿色版没有安装步骤，双击就能打开软件主页面）
打开Primer Premier 5.0后会有两个error的提示，关掉提示的error就可以。
Primer Premier 5.0出现这个页面之后不用管，这个页面会自动关掉，之后会弹出下一步的操作页面。
在Primer Premier 5.0以下弹出来的页面中点击Activate product
打开下载的安装包中的以下红框的应用程序。
打开页面如下。
在右边的machine ID上，输入Primer Premier 5.0 Activate product页面上的machine ID，再点击Generate。
上一步点击Generate之后，会生成Activate key。
将右边生成的Activate key输入到Primer Premier 5.0 Activate product页面上的Activate key中。
输入完成之后Primer Premier 5.0 程序安装成功。
打开软件页面如下，正常使用。
注意：
打开软件如果提示error，不用管，点击ok就可以。
打开软件如果出现闪退现象，再次打开软件就可以正常使用。
注意：软件安装完之后不会自动创建快捷方式，需要在安装包内将软件创建快捷方式到桌面。
另外安装包可以放在电脑的任意磁盘，记住，不要删掉安装包！
在本文分享的Oligo安装包中，有Oligo 6和 Oligo 7的安装包。
安装包在文末下载！
Oligo 6，双击Oligo 6应用程序就能使用。（绿色版没有安装步骤，双击就能打开软件主页面）
Oligo 7，需要激活才能使用。
打开Oligo 7安装包文件夹，双击运行“Oligo 7”应用程序
oligo7的运行环境需要JRE 1.4及以上版本方能正常使用，所以用户在安装oligo前请先保证电脑中已将安装了java。
如果提示“This application requires a Java Runtime Environment1.4.0（此应用程序需要Java运行时环境1.4.0）”，就需要安装java。
在弹出来的页面中点击“确定”，之后会打开浏览器进入到java下载页面
点击【下载java】
点击【安装】
根据安装步骤，完成java安装。
安装完java之后，重新回到Oligo 7安装文件中，继续Oligo 7安装。
双击Oligo 7应用程序，进入到软件激活的页面。（绿色版没有安装步骤，双击就能打开软件主页面）
打开如下红框的文件
打开如下。
将ologo 7 软件页面上的workstation code复制粘贴到注册机上的workstation code，再点击注册机上的Generate按钮。
上一步在注册机上点击Generate之后，注册机上会生成Acesscode。
将注册机上的AcessCode复制粘贴到oligo7激活页面上的Acess Code内。
在oligo7激活页面点击Confirm code，到这里就完成oligo7的激活了。
oligo7软件打开页面如下。
之后就可以在在Gene Bank 查找目标基因的目标序列进行引物设计了。
注意：软件激活完之后不会自动创建快捷方式，需要在安装包内将软件创建快捷方式到桌面。
另外安装包可以放在电脑的任意磁盘，记住，不要删掉安装包！
在安装包内，我把Oligo 和Premier设计引物的教程都准备好了
①用Premier 5 和Oligo 6进行引物设计。
②Premier 5 中文使用手册。
另外分享3个好用的免费在线引物设计工具
Primer-Blast、Primer3 Plus、PrimerBank
①NCBI 的 Primer-Blast
这个在线软件整合了经典的引物设计软件Primer3，整合了 NCBI 的 Blast 功能进行引物特异性的验证。
网址：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
也可以从 Blast 主页（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/）查找对应的功能。
②Primer3 Plus
Primer3是一个非常简单却高效的在线引物设计网站。只需在目标序列中粘贴DNA序列后点击搜索即可。可通过对产物大小、引物大小、Tm范围和其他参数的设置来筛选引物。
网址：http://www.primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi
③PrimerBank
PrimerBank 是一个 PCR 引物的公共数据库。其引物可以用于 PCR 或 qPCR，共包含超过 306800 个引物，涵盖大多数已知的人和小鼠基因。
网址：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/。
最后整理了一份引物设计原则与考虑因素的表格，可以作为参考，有需要的可以保存图片或者收藏文章。
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