酵母单杂交技术是在酵母双杂基础上发展而来的一种研究核酸-蛋白相互作用的工具，被广泛用于研究真核细胞内基因的表达调控，如鉴别DNA结合位点发现潜在的结合蛋白基因、分析DNA结合结构域信息等。
植物：自交不亲和机理研究病毒：朊蛋白、病毒蛋白相互作用蛋白筛选信号通路：转录因子、雌激素α受体相互作用蛋白筛选癌症医学：癌症相关蛋白、凋亡相关蛋白相互作用蛋白筛选寄生虫医学：毒力因子致病机制研究、半乳糖凝集素互作蛋白筛选基础原理研究：肌球蛋白、蛋白酶体调节因子相互作用蛋白筛选、受精卵发育
细胞样本：细胞数量大于1×10^7动物样本：大于1 g植物样本：大于2 g总RNA：大于200 µg
