只说浙江，两者有区别。
事情是这样，原先的事业编制是给人的，即使有一天你的岗位裁撤了，甚至单位合并了或者裁撤了，你这个个体仍然有编制，上级机关还是要给你安排工作。
但备案制就不一样了。备案制是以岗定编，编制给的是岗位而不是你这个个体。因此，如果岗位没了或者单位没了，上级机关只能和你协调工作或者岗位，但这个新工作或者新岗位不是一定会和之前一样的待遇，甚至不一定有事业编制。换言之，如果哪天要裁人了，只要取消岗位，甚至取消单位，就可以名正言顺裁人。
这就是事业单位改革的根本目的。本质上就是为了随时随地甩包袱。而所有的事业单位里，又以医院和学校编制规模最大，因此先从医院和学校开始下手。
用个虚构的例子来说明问题。小X就职于某边缘地区的基层医院，有事业编，而小Y为同单位，有备案制。两者的待遇完全相同。现在，随着人口流失，这家医院客流越来越少，甚至开始出现亏损。于是上级机关准备让医院裁员。这时候，医院会把小Y的岗位裁了，由于小Y是备案制，岗位没了，编制也就没了，需要重新调岗，劳务派遣且待遇减半，于是小Y辞职。另一个平行时空里，小Y接受调岗，于是医院增效成功。接着医院继续亏损，想把小X搞走。但是，由于小X是事业编，虽然岗位没了，但是编制还在，上级机关只能给小X找了同系统的其他单位的岗位，编制不变，待遇只是略有变化，但差异不大。通过这样的方式，这家基层医院就没人了，于是单位撤销，上级机关甩包袱成功。
最具迷惑性的就是，由于两者的差别主要不是针对某个员工个体，所以，备案制和事业编在在岗和退休待遇、升职加薪甚至岗位要求等几乎所有方面几乎完全一致。很多无良公众号又大肆宣传什么完全没区别，于是给人一种印象两者似乎没区别。没区别就改个名字玩呢。这么一改革，事业单位的稳定性一下子差了很多，用人单位想怎么卷员工就怎么卷，毕竟随时可以裁岗位，用人自主权一下子大了很多。虽然目前事业单位基本不裁人，这不代表未来不裁人
就目前而言，前段时间已经听说浙江某些医院开始计划考评员额制科研岗的员工了，通不过考评就淘汰。这个政策过于天怒人怨，现在不知道有没有推行下去
最后，除了裁员外，其实对跳槽也是有影响的，但不大。对事业编而言，小X从A单位跳槽去B单位，只要A肯放，B肯接收，即使B单位当下没有编制，小X也可以带着编制走。而备案制，只要辞职，编制直接没了，必须要B单位给小X提供编制，小X才能有编制。不过，就过去而言，这种带编跳槽大部分也就是中直单位或者同系统内才有可能，跨系统难上加难。
综上，二者的区别主要是针对裁员和跳槽的，或者说是针对以前事业编只进不出的情况，两者区别大的很。员额制实际上是骗员工和事业编没区别从而以事业编的要求来让员工拼命干，又留了一手随时可以把人裁了。事业编和员额制，从根本上就是两套逻辑了
