题主可能存在的观点是：
人类在起源的时候，一开始就是一个人，不是“突然冒出来一群人”。
（是吧题主？）
基于此，题主的问题是：
既然一开始只有一个人，那么此后产生的人类肯定是这个人的亲属，他们之间近亲婚配，其后裔成为了如今的人类，那么，近亲结婚怎么就不行了呢？
我在此不讨论近亲结婚的危害，因为已经有其他答主给出了详细的解释。我只用大白话讨论一下，最早的“人类”，到底是一个什么样的形式。最早的人类，到底是“一个人”，还是“一群人”。
显然，人类不是突然冒出来的一群生物，我们都受过义务教育，知道“人是猴子变的”（这个说法很不准确，更确切的说法是人和猴子具有共同的祖先）。但是，这并不意味着，最早的人类，就是“突然冒出来的一个人”。
首先，请题主必须理解的一点是，从现代这种被称作“人类”的动物和猴子的共同祖先，到现代的人类之间，隔了成百上千个世代，足足几百万年的时间。人类和他们的灵长类近亲的差距，并不是在几百万年前就有那么大的（比如脑容量的差距）。这些差距的内在原因是人和其他灵长类基因组的差异，而这些差异，是在漫长的岁月中，因受到自然选择或漂变（drift）的影响而逐步形成、累积的。
这些差异来源于基因的突变。基因突变可谓进化的“原材料”。然而，单一的某个基因突变，不一定能对生物体的整体性状产生非常大的影响，甚至这种影响可能是微乎其微的。
在几百万年前，在非洲的某一个灵长类群体中，某只灵长类动物的基因组获得了某个突变（此处不讨论是如何获得的，不然我又要写一长串东西），这个突变可能并没有使它的性状发生非常明显的改变，它和它周边的灵长类依然可以正常交配并产生可育后代。然而。这个基因突变可能使它获得了某种生存优势，比如说，它的大脑的沟回可能变得和其他灵长类不太一样，使它能够更快地学会采摘果实。这只灵长类拥有这个突变，更具有生存优势，有了更多繁殖机会，也就可能留下更多后代，这些后代也具有生存优势，又在交配权的竞争胜过了没有这个突变的个体。过了很多年，这只灵长类所在的群体中的大部分个体都具有了这个突变。
我们把突变产生的基因，和原来的基因，称作一对“等位基因”（allele）。
题主看到这里可能会说：“这不就是一群有亲缘关系的猴子吗？”是啊，它们的确有亲缘关系，然而，请注意，这可能是一个很大很大的“猴群”，它们的确来自同一个祖先，但不一定是近亲关系，它们之间的亲缘程度，早已在一代又一代的婚配中被“稀释”，但是，它们都携带了从祖先那里传下来的那个突变，这使得它们有别于其他的“猴群”，但是又不至于让它们和别的猴群产生生殖隔离。就像现在中国一对都姓李的男女，一个在北京，一个在上海，他们可能五百年前是一家，但是他们是近亲吗？很可能不是。他们的婚配算是近亲婚配吗？很可能不是。
以上所述的突变产生并累积的事件，可能在某一个灵长类群体发生过多次，有的突变有利于生存，有的不利于生存。总会有那么一些群体，累积了很多的有利突变，有别于一般的灵长类群体，而且又足够大，使得以下事件得以发生：两个不是近亲，但是又携带了多个有利突变的个体进行婚配。
当这些群体中的突变累积到足够多的时候，它们的性状已经和一般的灵长类群体有了很大差异，以至于不能再正常交配，有了生殖隔离，那么这些群体只能内部交配。但是，此时它们已经足够庞大了，完全可以保证有足够多的非近亲的个体可以交配。这个时候，它们就朝“人类”这个方向迈进了不小的一步。
就这样，在几百万年中，它们不断地获得有利的突变，累积新的等位基因，逐步演化成了我们。
题主可能又会问：“那个时候又没有《婚姻法》，它们又没有科学知识，怎么能保证不近亲婚配呢？”
那，这就如其他答主说得那样，肯定有近亲交配的事件发生，但是……这样的个体，难免携带成对的、不利于生存的基因，因此就被大自然淘汰了。
简单粗暴地理解，就是：
最早的人类不是“突然冒出”的一个群体，而是逐渐产生并累积了和其他灵长类的不同之处的一个群体。这个群体是足够大的，能够保证足够多的非近亲交配事件的发生，从而使得整个群体能够正常延续。
需要指出的是，我讲的这些东西，只是对极其复杂的人类演化历程的一个极度简化的model，而且很不严谨。事实上，在某个灵长类群体中，可能同时有多个个体获得不同种突变，或者不同时的同种突变，甚至是同时的同种突变，或者在多个灵长类群体中，都有个体获得突变。这些灵长类在迁移的过程中，某些个体的意外死亡或“走失”，都有可能使群体丢失掉一部分等位基因，让这个群体有别于其他的群体（即所谓的“漂变”）。
希望我的回答可以帮助题主释疑。
