总的来说，三战要比二战的关系更简单，战局也要简单很多。
（很多人把山椒鱼半藏对火土风三国宣战的二战当成三战，才会觉得很复杂）
主要是雷-火、土-雷、火-水三条战线
三代雷不知为何（记仇）向木叶开战，波风水门本人赶赴云隐-木叶战线，对阵三代雷之子和八尾人柱力交手，获得了第二个“忍界第一神速”和“黄色闪光”的名号（你说巧不巧，二代和水门都在木叶和云打仗的时候拿到的称号），四代雷也在之后的统治生涯中让所有部下：“见到黄头发刺猬头就跑，不完成任务都没有关系，尤其要注意他那个什么什么闪光超什么式来着，反正跑就对了。”
因为二战吃了云隐的亏（三代雷趁三国混战偷袭岩隐），记仇的大野木趁此机会，派一万岩忍偷袭云隐，结果三代雷影一人挡下，与一万岩忍部队大战三天三夜，同归于尽。三代雷之子无心恋战，赶忙回防并继承雷影之位，大野木撤兵。
出于木叶连着两次当战胜国，大野木和三代雷联手进攻火之国，波风水门的三个学生赶赴岩隐-木叶战线支援，接受了炸掉神无毗桥的任务，宇智波带土在开启二勾玉写轮眼后壮烈“牺牲”，并将自己的左眼托付给了卡卡西，战局扭转。卡卡西再次性情大变，不再以完成任务为唯一标准，把同伴再次放在首位考虑。谁知带土在地底下被某个老年人救活……
带土在地底下经历了什么大家也都知道，我就不多讲了。
但是不料雾隐突然插手，卡卡西、琳、水门回防，白绝见状连忙带着带土奔赴前线。与此同时，斑让傀儡忍者把琳抓起来把三尾封入琳体内，并在琳心脏里下了咒印，企图让三尾在木叶暴走，毁灭木叶，琳却在带土刚刚赶到的时候自己借用卡卡西的雷切刺穿了咒印，也刺穿了自己的心脏，后面的事，大家也都知道了。
雾隐虽然正面交锋受挫，但又派遣忍刀七人众偷袭木叶大后方，没想到木叶一个下忍过来，就把身为精英上忍的忍刀七人众打死了四个，只有西瓜山河豚鬼、黑锄雷牙、枇杷十藏得以撤回雾隐。
木叶激进派的团藏本来准备一鼓作气，灭掉土之国，可是三代却向大野木议和，失去了一次重要的机会。团藏则以此为由弹劾猿飞，强迫猿飞退位，让大蛇丸上位，可是猿飞也不简单，在之前就内定了三战功臣波风水门为四代火影。
第三次忍界大战结束，战胜国为火之国
