（以下仅代表个人观点，如有错漏之处，恳请各位批评指正）
因题主讲到明朝，我也仅以自己较熟悉的明朝作为主题。
首先，元末明初的时候盘踞东南的并不只是朱元璋一家势力，大的势力如张士诚，小一些的如方国珍都是割据一方。尤其方国珍，据《明史列传第十一方国珍》：“方国珍，黄岩人。长身黑面，体白如瓠，力逐奔马。世以贩盐浮海为业。元至正八年，有蔡乱头者，行剽海上，有司发兵捕之。国珍怨家告其通寇。国珍杀怨家，遂与兄国璋、弟国瑛、国珉亡入海，聚众数千人，劫运艘，梗海道。”方国珍甚至利用海运与元政府做起了“买卖”（《明史列传第十一方国珍》：“元既失江、淮，资国珍舟以通海运，重以官爵羁縻之，而无以难也。”）至朱亮祖破台州，克温州，方国珍不得已逃亡海上，被困一隅，于是投降（《明史列传第十一方国珍》：“国珍帅所部遁入海。追败之盘屿，其部将相次降。和数令人示以顺逆，国珍乃遣子关奉表乞降......”）所以说当时海上的势力影响还是比较大的。
其次，元末明初的日本处于封建诸侯割据．互相攻伐的状态下，在战争中失败了的封建主，就组织武士、商人、浪人（即倭寇）到中国沿海地区进行武装走私和抢掠骚扰。倭寇对明朝的影响可以说贯穿明朝始终。明初有上文提到的各军阀的残余势力与倭寇相勾结（(明) 郑若曾: 《筹海图编》卷 5 《浙江事宜》：“国初，定海之外，秀、岱、兰、剑、金塘五山争利，内相仇杀，外连倭夷，岁为边患。”）于是朱元璋下令实施自元朝开始的海禁政策。为了防止沿海反叛势力私通倭寇，明廷先后“罢太仓黄渡市舶司”；颁布“禁海令”，规定：“……仍禁濒海民不得私出海”；撤销了自唐朝起就存在的负责海外贸易的福建泉州、浙江明州、广东广州三处市舶司，可以说采取了严厉的禁海政策。（以上据《明太祖实录》）
其后，明廷与日本也多有往来，但由于日本形势不稳，双方之间的勘合贸易制度几经波折，直到嘉靖二年的“争贡之役”，这一事件导致明朝与日本的贸易途径断绝，倭寇滋生，为后来的“东南倭祸”埋下了伏笔。在嘉靖一朝，倭乱达到极盛时，甚至以五十三人之力（此处取郑若曾说）“突犯会稽县，流劫杭州，突徽州歙县，至绩溪、旌德，屠掠过泾县，趋南陵，至芜湖。烧南岸，趋太平府，犯江宁镇，直趋南京”（《明史日本传》）我们熟知的抗倭大臣朱纨、张经、李天宠、谭纶、胡宗宪、戚继光、俞大猷、卢镗等人都是在这期间涌现出来的，而王直、徐海等大海盗也是在这一时间崛起于海上的，直到嘉靖四十四年，戚、俞大军联合剿灭东南沿海的倭寇，海疆暂定，其后隆庆间又海禁，东南贸易再度兴盛。在这个过程中，一来，倭寇进到大明南方政治中心南京，倘若从南京到扬州溯大运河北上，就直接到达通州，逼近京城脚下，虽然最终没有实现，但这种揣测还是比较惊人的；二来，江南是国家赋税重地，经过倭寇长期流毒，东南沿海诸如浙江、江苏、福建以及广东等地造成毁灭性破坏，倭寇“破浙东、杭、嘉、湖、苏、松、常、镇、淮、扬至南通，州诸沿江郡县不下数百处，杀伤人民百余万。守土以丧地被逮，总师以失律受诛者无数“（洪若皋: 《海寇记》）这个破坏力还是比较惊人的，国家财政收入都因此而受到损失。
到万历年间，丰臣秀吉统一日本，卷土重来，妄图通过征服朝鲜半岛进入中国境内，这个战略和日后的大陆政策是相一致的。万历朝鲜战争虽御敌于国门之外，并帮助朝鲜复国，但也付出了一些代价，严重削弱了辽东的军事实力，国家军费支出造成太仓库空虚，这两点都给日后的女真崛起，明朝灭亡埋下隐患。
综上所述，为防范倭寇和沿海海盗，明廷采取了闭关锁国的措施，但是到明中后期海禁渐弛，倭寇和海盗还是给明廷带来了严重危害。
