我来答一下吧，毕竟实操过农业专业合作社的人比较少，如果按规定去做的话，会走不少冤枉路。
第一步，你要去国地税，申请农业专业合作社免税备案，这个才是最重要的。按合作社农产品的性质，肉，蛋，菜是免所得税和增值税的，水产类的减半，不过有的地方政策优惠一点，凡是合作社的都免。
第二步，申请一般纳税人，这是开发票用的，合作社申请了免税之后，只可以开普通发票，发票上的税率为0。不要以为普通发票就掉以轻心，这个发票是可以作为进项发票的，用途跟专用发票一个性质。国家是有政策的。
第三步，对所有社员建立个人账户。日后社员分红时必需要用的。这个也是政策规定。
第四步，社员之间与合作社的交易，是不需要发票的，开具入库单和出库单就行了，这个也是有国家政策的。
第五步，合作社与客户的交易，开具发票，并写入库单，一般价格如果由社员来定的话，会是社员价格+合作社服务费=收款金额。个人认为最好由社员来决定，毕竟合作社他的主要收入是服务费，而不是交易。这样的话，在利润表会好核算一点。
嗯，说起来也挺多的，有空再说两下。
